朝食の納豆、味噌汁、ヨーグルト。どれも身近な発酵食品ですが、同じ大豆からそのまま食べる納豆と調味料として使う味噌ができるのは、なぜでしょうか。発酵食品の違いは、「何からつくるか」と「どんな微生物が働くか」を見ると理解しやすいです。
この記事では、発酵食品の定義から、代表的な発酵食品一覧、原材料と微生物の組み合わせ、作られ方、腸内細菌の働きまで、発酵の基本を見ていきましょう。
発酵食品とは何か
まずは発酵食品の定義と、発酵という現象、発酵によって食品に起きる変化を順に解説します。
発酵食品の定義

発酵食品とは、麹菌・酵母・乳酸菌などの微生物や、それらが生み出す酵素の働きを利用して、原材料の成分や味・香りなどを変化させてつくる食品です。
発酵食品には、納豆の納豆菌やヨーグルトの乳酸菌のように特定の種類の菌が主に働くものと、味噌・醤油・日本酒のように、麹菌がつくる酵素を起点に酵母や乳酸菌など複数の微生物が関わるものがあります。
「これは発酵食品なの?」と迷ったら、作る途中で微生物や、微生物がつくる酵素の働きに注目すると良いでしょう。
発酵とはどのような現象か
食品づくりでいう発酵は、微生物が原材料に含まれる糖などを利用し、酸やアルコールなど別の成分を生み出す現象です。腐敗も微生物による変化ですが、人にとって役立つ変化を「発酵」、食品として望ましくない変化を「腐敗」と呼んでいます。
発酵で食品に起きる変化
発酵では、ヨーグルトの酸味や米麹甘酒の甘みのように、味や香りが変わり、食感、栄養成分、保存性にも変化が起きます。変化の内容や程度は、食品や製法によって異なります。
発酵食品の種類一覧
発酵食品には、味噌や醤油などの調味料から、ヨーグルトなどの乳製品、日本酒やワインまで、さまざまな種類があります。
ここでは、代表的な発酵食品を7つのカテゴリに分け、主な原材料とはたらく微生物を一覧表にまとめました。あわせて、日本と世界の発酵食品も紹介します。
発酵食品の分類の考え方
発酵食品は、原材料と製造に関わる微生物の組み合わせで分類できます。
以下の表では、食品を調味料、大豆食品、乳製品、発酵漬物、魚介加工品、酒類・飲料、その他の7カテゴリに分け、「発酵食品」「主な原材料」「働く微生物」をまとめました。原材料は発酵前の材料、微生物は製造に関わる代表的な菌を記載しています。
代表的な発酵食品一覧

調味料
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| 味噌 | 大豆、米・麦など | 麹菌、酵母、乳酸菌など |
| 醤油 | 大豆、小麦など | 麹菌、酵母、乳酸菌など |
| 醸造酢 | 米、果実など | 酢酸菌。製法により酵母・麹菌なども |
| 本みりん | もち米、米麹、焼酎など | 麹菌(酵素の働き) |
| 塩麹 | 米麹、塩、水 | 麹菌(酵素の働き) |
| ナンプラー | 魚、塩 | 耐塩性の細菌など |
大豆食品
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| 納豆 | 大豆 | 納豆菌 |
| テンペ | 大豆 | クモノスカビ(Rhizopus属)など |
| 豆腐よう | 豆腐、米麹・紅麹、泡盛など | 紅麹菌、麹菌など |
乳製品
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| ヨーグルト | 乳 | 乳酸菌 |
| チーズ | 乳 | 乳酸菌。種類によりカビなども |
| ケフィア | 乳 | 乳酸菌、酵母、酢酸菌など |
発酵漬物
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| ぬか漬け | 野菜、米ぬか | 乳酸菌、酵母など |
| キムチ | 白菜、大根など | 主に乳酸菌 |
| ザワークラウト | キャベツ | 乳酸菌 |
| すんき | かぶ菜など | 乳酸菌 |
魚介加工品
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| なれずし | 魚、米 | 主に乳酸菌 |
| へしこ | 魚、米ぬか | 乳酸菌など |
| くさや | 魚 | くさや液中の細菌など |
| 本枯節 | カツオ | カビ |
| 塩辛 | 魚介類の身・内臓、塩 | 耐塩性の細菌など。原料の酵素も関わる |
| シュールストレミング | ニシン | 塩分に耐える細菌など |
酒類・飲料
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| 日本酒 | 米、米麹 | 麹菌、酵母。製法により乳酸菌も |
| ワイン | ぶどう | 酵母など |
| ビール | 麦芽など | 酵母 |
| 甘酒(米麹) | 米、米麹 | 麹菌(酵素の働き) |
その他
| 発酵食品 | 主な原材料 | 働く微生物 |
|---|---|---|
| パン(酵母発酵) | 小麦粉、水など | 酵母。製法により乳酸菌も |
| ナタデココ | ココナッツ水、糖など | 酢酸菌の一種 |
日本の発酵食品

日本では、味噌、醤油、納豆、日本酒、酢、ぬか漬けといった発酵食品が親しまれてきました。魚を米と合わせる「なれずし」や、豆腐を使う「豆腐よう」など、地域によって原材料も食べ方もさまざまです。
各地の食材や食文化との関係は、「日本の発酵食品には何がある?各地の味から知る『日本の発酵文化』」で紹介しています。
世界の発酵食品

世界にも、韓国のキムチ、インドネシアのテンペ、ドイツなどのザワークラウト、コーカサス地方のケフィアなどがあります。大豆、野菜、乳といった身近な食材から、土地ごとに異なる発酵食品が生まれています。
地域ごとの作り方や食べ方は、「世界の発酵食品には何がある?地域によって種類や作り方が違う理由」で詳しく紹介しています。
発酵食品はどうやって作られるのか
発酵食品づくりでは、原材料に応じて微生物や酵素の働きを利用します。その働きに関わる条件と、同じ原材料から別の食品ができる理由を見てみましょう。
発酵に共通する5つの条件
発酵食品は、原材料に微生物や微生物由来の酵素を働かせ、温度・時間などの条件を整えることでつくられます。
| 条件 | 内容 |
|---|---|
| 原材料 | 米、大豆、乳、野菜、魚、果実など。含まれる成分や原料の状態が、つくられ方にも関わる。 |
| 微生物・酵素 | 麹菌、酵母、乳酸菌、納豆菌など。食品に応じて菌や酵素の働きを利用する。 |
| 温度 | 目的とする微生物や酵素が働く条件に合わせて管理する。 |
| 時間 | つくる食品や製法によって調整する。 |
| 容器・環境 | 微生物、水分、塩分などを含め、食品に合った環境を整える。 |
微生物はどこから来るのか

発酵に使う微生物には、人が種菌として加えるものと、原材料や製造環境にもともと存在するものがあります。
種菌は食品づくりのために用意した微生物のことで、納豆菌や麹菌などが使われますが、野菜の発酵漬物では原材料に付着していた微生物を利用する製法もあります。
同じ原材料から別の発酵食品ができる理由
同じ原材料でも、利用する微生物や酵素、管理する条件が違うと、別の発酵食品ができます。
米麹甘酒、日本酒、米酢は、いずれも米を使うのに、甘い飲み物、お酒、酸味のある調味料と、味も使い方も違います。その違いを生む、微生物と酵素の役割を比べてみましょう。

| 食品 | 原材料が変化する主な仕組み |
|---|---|
| 甘酒(米麹) | 麹菌がつくった酵素が、米のデンプンを糖へと変える。 |
| 日本酒 | 麹菌の酵素で糖をつくり、その糖を酵母がアルコールへと変える。 |
| 米酢 | 米から酒をつくる工程を経て、酢酸菌がアルコールを酢酸へと変える。 |
甘酒(米麹)では、麹の酵素がつくった糖が甘みになります。日本酒では、その糖を酵母がアルコールに変え、米酢では酢酸菌がアルコールを酢酸に変えます。
どの成分を、どの微生物や酵素が変えるのかによって、同じ米からでも別の食品ができるのです。
腸内細菌の働き
発酵食品づくりでは、微生物が原材料の成分を変化させます。一方、私たちの腸の中にも、食事から得られる成分を利用する細菌がすんでいます。
発酵食品との関係を考えるために、まずは腸内細菌が何をしているのかを見てみましょう。
腸内環境とは何か
腸内環境とは、腸内細菌を善玉菌・悪玉菌・日和見菌の3つに分類したときのバランスを指します。
人の腸には、100兆個ほどの細菌がすんでいると言われており、腸内細菌は、働きによって「善玉菌」「悪玉菌」「日和見菌」と呼ばれています。
<腸内細菌の種類>
- 善玉菌:健康に役立つ働きをする菌(ビフィズス菌、乳酸菌など)
- 悪玉菌:体に悪影響を及ぼすことがある菌(ウェルシュ菌など)
- 日和見菌:善玉菌・悪玉菌のどちらにも属さず、腸内で優勢なほうの菌と似た働きをする菌
腸内細菌が腸の中でしていること

腸内細菌の働きのひとつに、「食物繊維を利用する働き」があります。食物繊維は、人の消化酵素では分解されずに大腸まで届く成分で、腸内細菌の栄養源になります。
| 腸内細菌の働き | 腸の中で起きること |
|---|---|
| 食物繊維の一部を分解・利用する | 大腸まで届いた食物繊維の一部を、善玉菌のエサとして利用する。 |
| 酸をつくる | 食物繊維などを利用して、乳酸や酢酸・酪酸などの短鎖脂肪酸をつくる。 |
| 腸内の状態に関わる | つくられた短鎖脂肪酸や乳酸によって大腸内が酸性に保たれ、善玉菌の増殖を助け、悪玉菌の増殖を抑える。 |
発酵食品と腸内細菌の関係

ここまで見てきたように、腸内細菌は、人が消化できなかった食物繊維の一部などを利用しています。では、発酵食品は腸内細菌とどう関わるのでしょうか。「食品に含まれる菌」と「腸内細菌のエサになる成分」の2つに目を向けてみましょう。
善玉菌を含む発酵食品
ヨーグルトや、乳酸発酵でつくられるぬか漬け・キムチには、乳酸菌が含まれています。発酵後に菌を死滅させる加熱処理などが行われていなければ、食事から生きた菌をとることができます。
善玉菌のエサになる発酵食品
発酵食品には、菌だけでなく、原材料に由来する成分も含まれています。たとえば納豆には、大豆由来の食物繊維が含まれています。その一部は大腸まで届き、善玉菌のエサとして利用されます。
発酵食品を食べるときに気をつけたい点
味噌・醤油や多くの発酵漬物には塩分が、甘酒や本みりんには糖分が含まれます。
また、酒類や本みりんなどにはアルコールも含まれるため、原材料名や栄養成分表示を見ながら、摂りすぎにならないよう使う量や食事全体の組み合わせを考えましょう。
まとめ
発酵食品とは、微生物や微生物がつくる酵素の働きを利用して、原材料の成分や味・香りなどを変化させてつくる食品です。発酵に関わる微生物は、大きくカビ・酵母・細菌に分けられます。
本記事では、調味料や大豆食品、乳製品など、7つのカテゴリの発酵食品を紹介しました。同じ大豆から味噌と納豆ができるのは、働く微生物やつくる条件が違うためです。
「何からつくるのか」「どんな微生物が働くのか」を知ると、身近な発酵食品の違いも分かりやすくなります。
発酵食品が日本の暮らしに広がってきた歴史や、毎日の食事に手軽に取り入れる方法を知りたい方は、下の記事一覧もご覧ください。
発酵食品についてよくある質問
出典
・農林水産省ウェブサイト「aff(あふ)2022年11月号/日本の食文化に欠かせない『発酵』の世界」
https://www.maff.go.jp/j/pr/aff/2211/spe1_01.html
・農林水産省ウェブサイト「にっぽん伝統食図鑑/漬物」
https://www.maff.go.jp/j/keikaku/syokubunka/traditional-foods/bunrui/tsukemono.html
・厚生労働省健康づくりサポートネット「生活習慣病などの情報/食物繊維の必要性と健康」
https://kennet.mhlw.go.jp/information/information/food/e-05-001.html
万田発酵研究所記事一覧
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研究から、発酵をもっと深く。
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